Super 12 is in 1999 gestig deur Laerskool Elarduspark, Laerskool Fontainebleau en Laerskool Pietersburg-Oos. Aanvanklik het 12 skole aan die kompetisie deelgeneem. In 2000 het die aantal deelnemende skole uitgebrei na 16, en in 2005 het dit verder gegroei tot 24 skole, soos die reeks vandag bekend staan.

Agt van die oorspronklike beginskole is steeds aktief betrokke by die Super 12-kompetisies tot vandag toe. Jaarliks word daar in 14 sport- en kultuuraktiwiteite meegeding, wat dien as voorseisoen-voorbereiding en ontwikkeling vir deelnemende leerders.